Seyitömer Höyük kazıları ilk defa 1989 yılında yapılmaya başlanmıştır. 1989 yılından günümüze kadar geçen zaman içinde arkeolojik kazılar Afyon Müzesi, Eskişehir Müzesi, Kütahya Dumlupınar Üniversitesi ve Kütahya Müzesi olmak üzere dört farklı kurum tarafından gerçekleştirilmiştir. Toplamda ise on dokuz kazı sezonu boyunca höyükte kazı gerçekleştirilmiş ve I-Roma, II-Helenistik (A/B), III-Demir Çağı (A/B), IV-Orta Tunç Çağı (A/B/C), V-Erken Tunç Çağı III (A/BC/D), VI- ETÇ II-III Geçiş, VI- Erken Tunç Çağı II (A/B/C/D) olmak üzere altı tabaka tespit edilmiştir. Bu tabakaların (VI-B/C/Ddışında) kazısı büyük oranda tamamlanmıştır. Seyitömer Höyük kazılarından elde edilen verilerin sonuçları özellikle son on yılda, konumu ve buluntuları ile önemli bir yerleşim olduğunu ortaya koymuştur. Ayrıca kazının uzun süreli olması, tabaka takibinin yapılarak yatay düzlemde alanın tamamında çalışılması ile de ilgili olarak çok sayıda in-situ buluntu açığa çıkarılmıştır. Bu nedenle günümüze kadar yayımlanan kazı sonuçları, tezler, makaleler ve bir kitap, verilerin ortaya konulmasında çok yetersiz kalmıştır. “Seyitömer Höyük 1989- 2021” başlıklı kitap ise bir nebze de olsa bu eksikliği gidermek, 1989 yılından bu yana kazı ile ilgili süreçleri ve verileri toparlayarak kazıyı bir bütün olarak sunmayı amaç edinip, özelde Batı Anadolu arkeolojisine, genelde ise Anadolu arkeolojisine katkı sağlamak amacıyla gerekli görülmüştür.