Tohoku’da bir kitabevinde çalışan Higuçi Otoha yolunda gitmeyen işler yüzünden istifa etmeyi düşünür ve sosyal medyadan Tokyo’nun banliyösündeki Gece Kütüphanesi’ni bulur. Burası, sıradan kütüphanelerden çok farklıdır: Sadece akşam yediden gece on ikiye kadar açıktır. Üstelik içerisi, yalnızca vefat eden yazarların kitap koleksiyonlarının bir araya getirildiği bir kitap müzesi gibidir. Otoha, Gece Kütüphanesi’nde beklenmedik olaylarla karşılaşıp burada çalışma fikri üzerine düşünmeye başlar.