Edit Nesbit’in klasik eserlerinden uyarlanan Demir Yolu Çocukları, babaları gizemli bir biçimde ortadan kaybolunca ansızın hayatları değişen üç çocuğun öyküsüdür. Bobbie, Peter ve Phyllis Londra’da mutluluk içinde yaşadıkları evlerinden ayrılıp, anneleriyle birlikte taşrada küçük bir kulübeye taşınmak zorunda kalırlar. Artık çocukların en büyük eğlencesi her gün evlerinin yakınından geçen demir yoluna gidip Londra trenine el sallamaktır. Trenin babalarına sevgilerini ulaştıracağına inanan üç kardeş, umutla babalarının dönmesini beklerler.