1667 gibi erken bir tarihte kaleme alınan, ancak politik nedenlerle 1689’a kadar yayımlanmayan Hoşgörü Üzerine Bir Mektup’ta–“Şanlı Devrim”den sonra– Locke, politik özgürlük argümanına benzer gerekçelerle tüm insanların doğası gereği sahip olduğunu öne sürdüğü dinî hoşgörüyü savunur. Diğer bir ifadeyle, tüm insanlar doğası gereği “özgür, eşit ve bağımsızdır” ve düşünce özgürlüğü, konuşma özgürlüğü ve ibadet özgürlüğü hakkına sahiptir. İkinci özgürlüğün garanti altına alınmasına yardımcı olmak için Locke, kilise ile devletin ayrılması çağrısında bulunur. Nesiller boyu toplumsal ve politik felsefenin temeli olan bu eser, İngiltere’de ve Avrupa’da modern demokratik devletin temellerinin atılmasına yardımcı olmuştur. Eserin önemi, onu felsefe, tarih ve siyaset bilimi öğrencileri için temel bir okuma haline getiriyor. “İşte Hoşgörü Üzerine Bir Mektup Avrupa’daki düşünce geleneğinin temel bir kavramı olan hoşgörü kavramının nasıl geliştirileceğine dair Locke’un çağları aşan kavrayışını bize sunuyor.” .